Чишћење Петријевих шољаје мукотрпан процес, али овај процес може учинити експерименте ефикаснијим. Ако се Петријева шоља не очисти, експериментатор мора да губи више времена обрађујући експерименталне податке. А ако се Петријева шоља темељно очисти, експериментатор може ефикасније да изведе експеримент.
Ручно чишћење Петријевих шоља:
Генерално, пролази кроз четири корака: намакање, рибање, кисељење и чишћење.
1. Намакање: Ново или коришћено стаклено посуђе треба прво натопити у води да би се омекшале и раствориле залепљене материје. Ново стаклено посуђе треба једноставно опрати водом из славине пре употребе, а затим преко ноћи потопити у 5% хлороводоничној киселини; коришћено стаклено посуђе често садржи много протеина и уља, које није лако испрати након сушења, па га треба одмах након употребе потопити у чисту воду ради рибања.
2. Рибање: Ставите натопљено стаклено посуђе у воду са детерџентом и више пута га рибајте меком четком. Не остављајте мртве просторе и спречите оштећење површинске завршне обраде посуђа. Оперите и осушите очишћено стаклено посуђе за кисељење.
3. Кисељење: Кисељење је потапање горе поменутог прибора за јело у раствор за чишћење, познат и као кисели раствор, како би се уклониле могуће преостале супстанце на површини прибора услед јаке оксидације киселог раствора. Кисељење не сме бити краће од шест сати, обично преко ноћи или дуже. Будите пажљиви са прибором за јело.
4. Испирање: Прибор након рибања и кисељења мора се темељно испрати водом. Да ли се прибор испере чисто након кисељења директно утиче на успех или неуспех ћелијске културе. Ручно оперите прибор након кисељења, а сваки прибор мора се више пута „напунити водом-испразнити“ најмање 15 пута, а на крају потопити у двоструко дестиловану воду 2-3 пута, осушити или осушити и спаковати за каснију употребу.

Метод чишћења помоћу XPZ-аперач лабораторијског стакленог посуђаза чишћење Петријеве шоље:
Количина за чишћење: 168 петријевих шоља може се очистити у једној серији
Време чишћења: 40 минута за потпуно чишћење
Процес чишћења: 1. Ставите петријеву шољу коју треба очистити (нова се може директно ставити у машину за прање флаша, а петријева шоља са медијумом за култивацију треба да испусти што је могуће већи комад медијума за култивацију) у одговарајућу корпу машине за прање флаша. Један слој може да очисти 56 петријевих шоља, а једним слојем 168 петријевих шоља са три слоја.
2. Затворите врата машине за прање флаша, изаберите програм чишћења и машина ће аутоматски почети са чишћењем. Процес чишћења обухвата претходно чишћење – главно прање алкалијама – неутрализацију киселина – испирање чистом водом.
3. Након чишћења, врата машине за прање флаша се аутоматски отварају, ваде очишћену посуду за култивацију и премештају се до опреме за стерилизацију ради стерилизације.
Чишћење Петријевих шоља у биолошким лабораторијама је веома важан део управљања лабораторијом. Коришћење потпуно аутоматске машине за прање флаша уместо ручног чишћења може спречити унакрсну контаминацију која утиче на експерименталне податке, заштитити здравље експерименталног особља и побољшати ефикасност експеримента.